Ta bardzo efektownie sformułowana teza nie doczekała się jednak powszechnej akceptacji w orzecznictwie. Przyczyny tego stanu rzeczy były bardzo różne – od psychologicznych (mniej pewnym swoich kwalifikacji sędziom wydawało się rzeczą niezręczną przyznawanie się do „bezradności” interpretacyjnej) po formalnoprawne (brak przepisu odzwierciedlającego expressis verbis zasadę „unieważniał”, zdaniem niektórych, roszczenie podatnika o jej zastosowanie; tak m. in. wyrok NSA z 28 lutego 2018r., I FSK 2338/15). Tym niemniej NSA wskazywał niekiedy na konieczność respektowania zasady in dubio pro tributario w procesie stosowania prawa podatkowego, wywodząc ją bądź to z norm konstytucyjnych, bądź to z art. 121 Ordynacji podatkowej (wyroki NSA: z 2 marca 2010 r., II FSK 35/10; z 22 lutego 2011 r., II FSK 224/10; uchwały NSA z 17 listopada 2014 r., II FPS 3/14 i II FPS 4/14).

Ogólnie rzecz oceniając sądy bardzo sporadycznie jednak powoływały się na zasadę in dubio pro tributario w wydawanych wyrokach w sprawach podatkowych. Tym niemniej określony poziom – ukrytej co prawda - sympatii dla niej można było dostrzec w sytuacjach, gdy obiektywna ocena argumentów interpretacyjnych wskazywała na zbliżoną ich wagę, ale sąd bądź to werbalnie (w uzasadnieniu) przywiązywał mniejszą wagę do argumentów organu podatkowego formułowanych w spornej sprawie, bądź to budował jedną „właściwą” narrację interpretacyjną po myśli podatnika.  Można mniemać, że przynajmniej w części takich sytuacji sąd respektował zasadę in dubio, ale z jakichś względów nie był w stanie jej artykułować. Precyzyjne ukazanie tego zjawiska w kategoriach ilościowych nie jest jednak możliwe ze względu na brak możliwości ustalenia, w jakim zakresie wyroki wydawane na korzyść podatników były wyrazem przekonania co do obowiązywania zasady, a w jakiej były wynikiem błędu interpretacyjnego czy też kierowania się przy rozstrzyganiu innymi jeszcze, niemożliwymi do identyfikacji okolicznościami.

NSA wskazywał niekiedy na konieczność respektowania zasady in dubio pro tributario w procesie stosowania prawa podatkowego, wywodząc ją bądź to z norm konstytucyjnych, bądź to z art. 121 Ordynacji podatkowej (wyroki NSA: z 2 marca 2010 r., II FSK 35/10; z 22 lutego 2011 r., II FSK 224/10; uchwały NSA z 17 listopada 2014 r., II FPS 3/14 i II FPS 4/14).

Istotną ułomnością ówczesnej strategii sądów w omawianym tu aspekcie było ignorowanie zarzutów podatników co do niezastosowania przez organ podatkowy zasady in dubio pro tributario. Na taki zarzut sądy najczęściej nie reagowały, nie siląc się nawet na wskazanie niestosowalności zasady w konkretnej sytuacji interpretacyjnej czy też wskazanie, że – ich zdaniem – w polskim systemie prawnym zasada nie znajduje zastosowania. Pogrzebano w ten sposób szansę zbudowania omawianej tu zasady „od podstaw”, poprzez nasycanie jej treści doświadczeniami płynącymi z praktycznego oglądu bogactwa sytuacji interpretacyjnych.     

Po wprowadzeniu w życie art. 2a Ordynacji podatkowej zaskoczeniem – niestety, nie pozytywnym – było to, że część składów sądzących nadal ignorowała zarzuty podatników co do naruszenia przez administrację podatkową zasady in dubio pro tributario. Pomijanie milczeniem w uzasadnieniach wyroków zarzutu skargi było chyba „nawykowe” i nie świadczy zbyt dobrze o poziomie kultury prawnej. Bez znaczenia jest przy tym to, że powszechną praktyką podatników czy też ich doradców jest bezzasadne – obiektywnie rzecz biorąc -  odwoływanie się do analizowanej tu zasady. Na dodatek podatnicy (doradcy podatkowi) nierzadko nie próbując wskazać, na czym istnienie kluczowego w tym wypadku dubiosum ma polegać. Nie zwalnia to jednak sądu od oceny podniesionego w skardze argumentu niejasności przepisów.   

Sądy zdają się przyjmować, że zasada in dubio jest – zgodnie z klasyfikacją Jerzego Wróblewskiego – regułą interpretacyjną drugiego stopnia, znajdującą zastosowanie do wyboru między rozmaitymi, rozbieżnymi co do rezultatów hipotezami interpretacyjnymi (zob. uchwała NSA z 19 grudnia 2016 r., II FPS 4/16). Jest to jednak – w świetle brzmienia art. 2a Ordynacji podatkowej – stanowisko dyskusyjne, a przy tym niezgodne z poglądami wyrażanymi przez Sad w innym miejscu. Pisze bowiem Sąd, że rozstrzyganie istniejących wątpliwości na korzyść podatnika będzie bowiem miało miejsce wtedy, tak jak w rozpoznawanej sprawie, gdy wszelkie stosowane metody ustalenia treści normy prawnej nie doprowadzą do jednoznacznego ustalenia jej brzmienia. A przecież stosowanie reguł interpretacyjnych drugiego stopnia (inaczej – reguł wyboru) jest powszechnie uznanym standardem interpretacyjnym, który może dać aprobowane rozstrzygnięcie dylematu interpretacyjnego. Natomiast zasada (a w istocie reguła) in dubio pro tributario znajduje zastosowanie wówczas, gdy wykładnia przepisów (z regułami wyboru włącznie) zawiodła, nie doprowadzając do względnie jednoznacznego ustalenia treści normy prawnej. W konsekwencji, jeżeli zastosowanie zasady in dubio uznać (co nie jest bezsporne) za element wykładni prawa, to byłaby to zasada nie drugiego, ale trzeciego stopnia…  I – co ważne – przepis nie daje wyboru co do jej stosowania/niestosowania.       

NSA widzi w zasadzie in dubio pro tributario nie tylko narzędzie ochrony podatnika przed złym – bo niejasnym - prawem, ale dostrzega też możliwość jej stosowania w sytuacji, gdy przepis prawa budzi wątpliwości co do jego konstytucyjności. Organy podatkowe oraz sądy administracyjne – pisze Sąd w uzasadnieniu wyroku z 8 czerwca 2018 r. (II FSK1627/16) - jakkolwiek nie mogą samodzielnie odmówić zastosowania niekonstytucyjnego, wieloznacznego przepisu podatkowego, powinny minimalizować skutki błędów legislacyjnych prawodawcy, poprzez stosowanie w takich sytuacjach zasady in dubio pro tributario. 

NSA trafnie dostrzega to, że istnienie wątpliwości interpretacyjnych należy odnosić do konkretnej sytuacji faktycznej, gdyż przepis jasny w jednym wypadku może takim nie być w innym. W literaturze przedstawiane to jest jako wtórna niejasność przepisów, w odróżnieniu od niejasności pierwotnej, gdzie wątpliwości rysują się już przy samej analizie treści sformułowań użytych w przepisie, nawet bez jego odnoszenia do stanu faktycznego. Sąd zauważa, że konieczne jest uwzględnienie specyfiki każdego konkretnego zdarzenia. Respektowana w tym przypadku winna być zasada in dubio pro tributario wyrażona w art. 2a o.p. (wyrok NSA z 4 października 2018 r., II FSK 2816/16).

Czy wyrażona w art. 2a o.p. zasada rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika dotyczy tylko wątpliwości co do treści przepisów prawa, a już nie wątpliwości co do stanu faktycznego? Z treści art. 2a o.p. nie można wyprowadzać wniosku, że w zakresie usuwania wątpliwości dotyczących stanu faktycznego obowiązuje – a contrario - norma in dubio pro fisco.  Takie rozumowanie – prawniczo, ponad miarę, naiwne - propagowali niegdyś przeciwnicy normatywizacji zasady in dubio pro tributario.

Sądy administracyjne stoją generalnie na stanowisku, że zasada in dubio pro tributario znajduje także zastosowanie do wątpliwości co do stanu faktycznego (m.in. wyrok NSA z 19 grudnia 2018 r., I GSK 1093/16). Ze względu na to, że art. 2a Ordynacji podatkowej mówi jedynie o wątpliwościach dotyczących treści przepisów prawa, to stanowisko można by uzasadnić wyłącznie zastosowaniem tego przepisu w drodze analogii legis. 

Sąd powiada, że nie ulega najmniejszej wątpliwości to, że zasada rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika ma zastosowanie wyłącznie do wątpliwości co do treści przepisów prawa, nie zaś do wątpliwości co do stanu faktycznego.

Są też wyroki, w których prezentowane jest stanowisko zgoła odmienne. Sąd powiada, że nie ulega najmniejszej wątpliwości to, że zasada rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika ma zastosowanie wyłącznie do wątpliwości co do treści przepisów prawa, nie zaś do wątpliwości co do stanu faktycznego. Obowiązkiem organów podatkowych jest wnikliwe i jednoznaczne ustalenie stanu faktycznego sprawy, ponieważ tylko wtedy możliwe jest prawidłowe zastosowanie przepisów (wyrok NSA z 21 listopada 2018 r., II OSK 2871/16; podobnie wyrok NSA z 29 listopada 2018 r.,  II FSK 3346/16). 

Stanowisku temu nie sposób odmówić słuszności, gdyż m. zd. przy ustalaniu stanu faktycznego okoliczności oceniane jako wątpliwe nie mogą być w ogóle brane pod uwagę przy orzekaniu (chyba, że zintensyfikowane postępowanie dowodowe da ostatecznie podstawę do uznania ich za niewątpliwe).  Decyzji co do stanu faktycznego nie podejmuje się więc w sytuacji niepewności (wątpliwości) co do zaistniałego w sprawie stanu rzeczy; odpada więc przesłanka rozstrzygania wątpliwości, immanentna dla stosowania art. 2a Ordynacji podatkowej.

Lektura orzeczeń sądów administracyjnych prowadzi do wniosku, że sądy te strategicznie propagują stanowisko, że rozbieżności orzecznicze nie są wystarczającą przesłanką uzasadniającą odwołanie się do zasady in dubio pro tributario.  Z różnych względów trudno się spodziewać zajęcia stanowiska odmiennego, tym niemniej biorąc pod uwagę to, że rozbieżności mogą pojawić się w poglądach wdrażanych przez sędziów najwyższej instancji sądownictwa administracyjnego, stanowisko dotychczasowe jest uprawnione tylko częściowo. Można bowiem postawić takie pytanie: czy rozbieżne poglądy orzecznicze w odniesieniu do konkretnego problemu interpretacyjnego wynikają raczej z niejasności przepisu, czy też z innych względów – w tym wypadku już chyba nie merytorycznych? Jeśli sędziowie koncentrują się na meritum problemu, to tym meritum jest kształt normy prawnej wynikający z interpretowanych przepisów. Jeśli rezultaty przemyśleń rozmaitych składów orzekających są rozbieżne, to trudno sobie tłumaczyć to inną przyczyną, niż nieusuwalną prawdopodobnie niejasnością przepisów. 

W konsekwencji rozbieżności w orzecznictwie sądów są dobrą wskazówką występowania niejasności interpretacyjnych. Inną kwestią jest to, że sąd – mając na uwadze wcześniejsze rozbieżności orzecznicze – może w przekonujący sposób znaczenie przepisu objaśnić tak, że wątpliwości zostaną usunięte. Wymagałoby to jednak wyjaśnienia, w wyroku tego ostatniego sądu, na czym polegał błąd w myśleniu o spornym przepisie popełniony w wyroku bądź w jednym z wyroków wcześniejszych – nie wystarczy przychylenie się do poglądu odmiennego (uznanego ostatecznie za właściwy) i pracowite budowanie „utrwalonej linii orzeczniczej”.